No inicio da década de 1960, a Escola Politécnica da USP oferecia uma disciplina obrigatória chamada Cálculo Numérico que, por sua vez, estava subordinada à cátedra de Cálculo Diferencial e Integral. Os alunos dessa disciplina utilizavam até então máquinas de calcular mecânicas e réguas de cálculo como ferramentas para suas atividades e resolução de problemas.

Com a chegada, em 1962, de um computador modelo IBM-1620, criou-se um núcleo computacional, subordinado à cátedra de Cálculo Diferencial e Integral, denominado Centro de Cálculo Numérico. Tratava-se do primeiro computador em universidades paulistas e o do segundo em universidades brasileiras.

Em 1963 o Centro de Cálculo Numérico se desliga da Escola Politécnica e passa a pertencer ao Instituto de Pesquisas Matemáticas (IPM), com o nome de Centro de Computação Eletrônica, utilizado ainda hoje.

Em 1971, com a extinção do Instituto de Pesquisas Matemáticas, o CCE se torna um órgão autônomo ligado à Reitoria da USP e passa a fazer o processamento de dados administrativos e dos registros acadêmicos da Universidade. Com esta nova configuração, a universidade tentava concentrar recursos orçamentários escassos para a constituição de um grande centro de computação, ao qual toda a comunidade acadêmica teria acesso. O CCE também passou a ser dirigido por uma comissão supervisora, formada por docentes, servidores e por um diretor executivo.

Em 1972 o professor da Escola Politécnica Dr. Oswaldo Fadigas Fontes Torres e o Reitor Prof. Dr. Miguel Reale transformaram o CCE em um órgão diretamente vinculado à Reitoria. Além disso, para atender a todos os pesquisadores da USP interessados em utilizá-lo bem como às necessidades da própria administração universitária, suas funções foram ampliadas. Nesta época, já havia grande interesse em desenvolver sistemas corporativos.

Em 1988 o CCE é transformado numa unidade universitária autônoma e, de 1980 a 1985, a rede de terminais se ampliou. Dez anos depois chegaram os primeiros computadores pessoais e foi criada a rede USPnet.

Em 2013 é criado o Departamento de Tecnologia da Informação (DTI)  a partir da junção do Departamento de Informática (DI) e o Centro de Computação Eletrônica (CCE).

Em dezembro de 2014, por meio da Resolução 7025 é criado o Centro de Tecnologia da Informação de São Paulo (CeTI-SP).

Ao longo da história os dirigentes foram:

* Prof. Dr. Oswaldo Fadigas Fontes Torres (1972 – 1988)
* Prof. Dr. Otávio Gennari (1972)
* Prof. Dr. Paulo de Souza Moraes (1972 – 1982)
* Prof. Dr. Geraldo Lino de Campos (1982 – 1988)
* Prof. Dr. Geraldo Lino de Campos (1988)
* Prof. Dr. Heraldo Luiz Marin (1988 – 1990)
* Prof. Dr. Carlos Antonio Ruggiero (1990 – 1991)
* Prof. Dr. Antonio Marcos de Aguirra Massola (1991 – 1994)
* Profa. Dra. Marília Junqueira Caldas (1994 – 2000)
* Prof. Dr. Edson dos Santos Moreira (2000 – 2006)
* Profa. Dra. Tereza Cristina Melo de Brito Carvalho (2006 – 2010)
* Prof. Dr. Jaime Simão Sichman (2010 – 2013)
* Prof. Dr. Luiz Natal Rossi (2013 – 2014)
* Prof. Dr. João Eduardo Ferreira (2014)